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F.I.S.

正式名称は、米国連邦聖遺物研究機関（Federal Institutes of Sacrist）。

櫻井了子の米国通謀をきっかけとして機関発足。
そのため、日本政府のシンフォギアに関する情報開示以前より存在している。

二課同様、
秘密裏に聖遺物の研究を進めてきたのだが、
大きく異なるのは、
個人の才に左右される「歌による起動」ではなく、
より合理に則った機械的安定起動方法の開発に時間と予算の多くを割いてきた点である。

この研究は一応の成果を収めるものの、
コントロールの難しさに加え、
歌を介した起動でないと大きな出力が見込めないという結論から研究規模の縮小となるのだが、
聖遺物「神獣鏡（シェンショウジン）」の一部特性を大型ヘリ「エアキャリア」に搭載させているなど、
二課にはない技術体系の確立に成功している。

今回の事件の中心人物であるナスターシャ教授やウェル博士は、
元々、F.I.S.に所属していた研究者であり、
マリアや調、切歌は、
F.I.S.にてレセプターチルドレンとして扱われていた観測対象である。

扱っている研究内容ゆえ、
非常に排他的で機密性が高く、秘密結社めいた側面が色濃いのが特徴。
政府直下の研究機関でありながら、
智慧の信奉者たちは、蟲毒の壷の中さながら閉鎖的に独自運営を進め、
その結果、米国政府の支配を離れるばかりか、武装組織として蜂起するに至った。

かつて、日本政府の広木防衛大臣が担っていた役割の内、
特異災害機動部二課の存在を可能な限り法令に照らし合わせ、
横槍の入りにくい公然組織と維持することを「光」とするならば、
F.I.S.のように内包していた暴走の危険性を削ぎ落としていくことが「影」の務めであった。
その観点においてF.I.S.とは、
シンフォギアの保有以外においても「米国の特機部ニ（とっきぶつ）」と言えるのである。